當前過濾器的效率從99.9%～99.999999%都可供采用。合理選用過濾器的效率及其迎面風速帶來綜合經濟效果。
同材質的過濾器，效率高的其阻力亦大、價格亦高反之則都降低，若改變風速則阻力、效率及數量亦變化，需要按具體情況合理選用。
1、一般原則是效率較高的HEPA或ULPA可選用以達到高潔凈度要求，低的潔凈度要求不嚴的可使用效率較低的HEPA過濾器。
2、高發塵量下，過濾器效率的變化，對潔凈室潔凈度的影響不大，因此潔凈度要求不高的潔凈室不宜選用較率的過濾器。
3、低發塵量下，較率的過濾器在低風速時對潔凈室潔凈度有明顯的好處，因此，對要求嚴的潔凈室在選用較率過濾器的同時降低其迎而風速。